Die überall in der Umgebungsluft natürlich vorkommenden Sporen stellen für einen gesunden Menschen selten eine Gefährdung dar. Hohe Konzentrationen, die u. a. bei einer Schimmelpilzansiedlung vorliegen, können Ursache allergischer Reaktionen sein. Bei erhöhter Sensibilisierung betroffener Personen können auch schwerwiegendere gesundheitliche Schäden auftreten.
Mehrere Studien belegen einen kausalen Zusammenhang zwischen einer stark erhöhten Exposition und allergischen Beschwerden. Bei geschwächter Abwehrreaktion und entsprechendem Artenvorkommen kann es zu einer Schimmelpilzinfektion (Mykose) kommen.
Eine weitere mögliche Gefährdung für die Gesundheit geht von toxischen Stoffwechselprodukten (Mykotoxinen) aus. Die Bildung der Mykotoxine ist abhängig von der Feuchtigkeit, der Temperatur und dem Nährstoffangebot. Sie tritt bei den meisten Schimmelpilzen in bestimmten Entwicklungsphasen auf.
Mykotoxine können bei inhalativer Aufnahme zu unspezifischen Symptomen wie Kopf-, Gliederschmerzen und Schleimhautreizungen führen sowie eine erhöhte Infektanfälligkeit bedingen.
Schimmelpilze bilden im Zuge ihres Stoffwechsels charakteristische MVOCs (Microbial Volatile Organic Compounds). Diese sind u. a. für den typisch muffigen Geruch verantwortlich.
MVOCs können eine Ursache für Kopfschmerzen und Schleimhautreizungen sein. Da sie jedoch nur in sehr niedriger Konzentration in der Innenraumluft vorhanden sind, ist eine inhalative toxische Wirkung eher unwahrscheinlich.